Tavoitteet
Kurssin käytyään opiskelija osaa kertoa, minkälaista biolääketieteellistä dataa bioinformatiikassa käytetään "raaka-aineena" ja minkälaisin menetelmin sitä analysoidaan ja tutkitaan; tuntee nimeltä muutamia tärkeimpiä DNA- ja proteiinitiedon tietokantoja Internetissä, osaa hakea niistä tietoa ja selittää pääpiirteissään, mitä muuta kuin pelkkä DNA:n tai proteiinin sekvenssi on tallennettu näihin tietokantoihin. Opiskelija osaa myös selittää, millä tavalla AlphaFold-tekoälymenetelmä on mullistanut proteiinien kolmiulotteisten rakenteiden tutkimuksen. Käytännön taitona kurssilla opitaan vertailemaan sekvenssien samankaltaisutta, sekä samankaltaisuuteen perustuvien hakumenetelmien avulla että omalla tietokoneella tehtävillä sekvenssirinnastuksilla. Lisäksi opiskelija osaa avata verkkotyökaluilla proteiinien 3D-rakenteita ja tarkastella niitä eri suunnilta.
Kurssin käytyään opiskelija osaa kertoa, minkälaista biolääketieteellistä dataa bioinformatiikassa käytetään "raaka-aineena" ja minkälaisin menetelmin sitä analysoidaan ja tutkitaan; tuntee nimeltä muutamia tärkeimpiä DNA- ja proteiinitiedon tietokantoja Internetissä, osaa hakea niistä tietoa ja selittää pääpiirteissään, mitä muuta kuin pelkkä DNA:n tai proteiinin sekvenssi on tallennettu näihin tietokantoihin. Opiskelija osaa myös selittää, millä tavalla AlphaFold-tekoälymenetelmä on mullistanut proteiinien kolmiulotteisten rakenteiden tutkimuksen. Käytännön taitona kurssilla opitaan vertailemaan sekvenssien samankaltaisutta, sekä samankaltaisuuteen perustuvien hakumenetelmien avulla että omalla tietokoneella tehtävillä sekvenssirinnastuksilla. Lisäksi opiskelija osaa avata verkkotyökaluilla proteiinien 3D-rakenteita ja tarkastella niitä eri suunnilta.
- Opettaja
Martti Tolvanen